カトリック健軍教会は熊本のカトリック手取教会より分かれ、熊本市東部の宣教の拠点として、昭和27年（1952年）12月25日のご降誕のよき日に、初代の主任司祭聖コロンバン会のベラス神父によって礎が据えられました。

アイルランドの聖コロンバンは、6世紀後半にヨーロッパの中央と北方にキリスト教を伝えた偉大な宣教師です。神の国を広げるために、多くの修道院を建てました。聖コロンバンの志をつぐ多国籍からなる宣教師はアフリカやオーストラリア、中国、そしてアジアの国々へと宣教師を派遣して、神の国を広げるために働いています。
カトリック健軍教会の当時の聖堂は現在のさゆり園のホールの部分に建っていました。健軍教会は2002年、創立50周年を迎えましたが、50年の歳月の間には、歴代の司祭、ブラザー、シスター、先輩の信徒の方々が様々な試練や困難を乗り越えて来られています。

このカトリック健軍教会ではこの半世紀の間に5名の召命がありました。司祭は福岡教区司祭の岩永義人神父様（2009年2月12日ご病気のため帰天）、アウグスチノ会で福岡教区で奉仕をされている遠山満神父様、シスターは秋田の聖体奉仕会所属で私たちの健軍教会で奉仕されている益田典子シスターと、マリアの宣教者フランシスコ修道会より派遣されて南アフリカで１０年奉仕された内田雅シスターがおられます。また、最近では、伊万里のトラピスト修道院に入られた浦本キヌヨシスターが2011年2月10日に終生誓願を宣立されました。

1995年8月15日よりカトリック健軍教会小聖堂で、熊本市内の五つのカトリック教会合同で始まった永久聖体礼拝が10年間続いたことは大きな恵みでした。